計算化学 ソフトウェア　GRRM20

GRRM20 反応経路探索ソフトウェア GRRMは、局所的、半大域的、または大域的な反応経路探索を行う計算プログラムであり、従来の個別の反応経路計算から、網羅的な反応 経路探索、複雑な反応経路ネットワークの構築まで、様々な目的において非常に有用です。また、これまでに、有機反応、有機金属触媒反応、 微粒子触媒、ラジカル反応、電子励起状態を含む光反応、周期境界条件による結晶相転移、QM/MM-ONIOM法による酵素触媒反応など、 様々な反応系に対して応用実績があります。GRRMには、Gaussian03/09/16、molpro、GAMESS、ORCA、TURBOMOLE、 SIESTAとのインターフェイスが内蔵されており、簡単なコードを用意することで任意の電子構造計算コードと組み合わせることも できます。 アウトプット インプット 安定構造の数 (反応物・生成物・中間体) 素反応の数 acetic acid CH3COOH 121 848 propionic acid C3H2O2 207 1,114 methyl nitrate CH3NO3 676 4,835 lactaldehyde C3H6O2 1,366 10,103

RCMC法を用いた速度論シミュレーションと 超並列化 速度論ナビゲーション GRRM20では、SC-AFIR計算の並列化効率が大幅に改善されました。 GRRM20では、複雑反応経路ネットワークに適用可能な、速度定数行列 開発者グループでは、100～500の経路の計算を同時に実行する様々な 収縮法（RCMC）と呼ばれる速度論解析手法が利用できます。RCMCは、 ジョブを行ってきました。 これらのジョブでは、各経路計算に複数のコア (1)SC-AFIR探索の速度論ナビゲーションとして、または、(2)SC-AFIR を使用し、合計で1,000～2,000のコアを使用しています。 MPI並列で 探索で得られた反応経路ネットワークの解析法として、利用されます。速 動作するプログラムとなっており、クラスタ計算機や共用計算機での 度論ナビゲーションでは、与えられた系を、与えられた実験条件（反応温 ジョブスケジューラでプロセス管理をしやすいつくりになっています。 度、反応時間）の下で、オン・ザ・フライで速度論シミュレーションするこ とができます。後者では、反応経路ネットワークの粗視化、反応物と生成 物の間の全反応速度定数の計算、反応経路ネットワークからの速度論的 高速化 に最も有利な経路の抽出などが可能です。 GRRM開発者の最先端の実用実績に裏付けられた、数々の細かい最適化・ 高速化が施されています。 周期境界条件 GRRM20では、周期境界条件下での構造最適化、反応経路計算、および、 AFIRの探索の手法を外部から変更するインターフェース 反応経路自動探索を行うことができます。 その際、並進ベクトルをアク 簡単な外部スクリプトによって情報学的手法や経験則などを探索手順に ティブにすると、並進ベクトルと原子位置の両方が同時に最適化されます。 反映させるオプションが利用でき、ユーザーが自動探索高速化の手法 また、並進ベクトルの全部または一部を固定して、2Dまたは1Dのスラブ 開発に参加することも可能です。 モデルでの反応経路自動探索を実行することもできます。 巨大系（＞500原子）用オプティマイザ GRRM20には、多数の構造変数を含む巨大系のための構造最適化アルゴ リズムが用意されています。 このアルゴリズムは、最適化中に得られた勾 配ベクトルで展開された低次元のPESを用いて、全次元での構造最適化 を実行します。 その性能は、半経験的な量子化学計算法と組み合わせて、 最大1,000原子を含む系で確認されています。 製品名 GRRM20 反応経路自動探索 (ADDF)、振動解析 (FREQ)、零点振動エネルギー補正、熱力学関数計算、 安定構造最適化 (MIN)、遷移構造最適化 (SADDLE)、固有反応座標追跡 (IRC)、反応中間体解析 (SCW)、 機能 2点間遷移状態探索 (2PSHS)、構造自動最適化 (ReStruct)、エネルギー自動再計算 (ReEnergy)、 初期構造自動発生、座標指定・パート ( 原子団 ) 指定、制限探索 (EQOnly)、Large ADD Following(LADD)、 励起状態解析、反応経路自動探索 (AFIR)、AFIR 経路の改良 (LUP)、周期境界条件探索 ( 結晶・表面 )、 反応速度論解析、速度論を考慮した探索、並列探索 - ハードウェア - 下記が動作する x86_64 計算機 - OS - Red Hat Enterprise Linux 7.x または CentOS 7.x - ハードウェア - Red Hat Enterprise Linux 8.x または CentOS 8.x または AlmaLinux 8.x スーパーコンピュータ「富岳」計算ノード 動作環境 （Red Hat Enterprise Linux 6.x および CentOS 6.x は非対応） - 必須ソフトウェア - - 必須ソフトウェア - Gaussian16 ※4 Gaussian16 または Gaussian09 ※1 - オプションソフトウェア - Gaussian03、Molpro、GAMESS、ORCA、Turbomole、SIESTA ※2※3 価格 お問い合わせください ※1 本製品に含まれておりません。予めご用意ください。 ※2 本製品に含まれておりません。利用する場合は予めご用意ください。 ※3これら以外の ab-initio programについても組み込み可能とする汎用インタフェースがGRRM20 には搭載されています。 ※4 スーパーコンピュータ「富岳」でのGRRM20 および Gaussian16 については、弊社サイエンスクラウドスタンダードプランの Fugaku タイプにてご利用可能です。 HPCシステムズ株式会社 〒108-0022 東京都港区海岸3-9-15 LOOP-X 8階 TEL：03-5446-5531 FAX：03-5446-5550 ■この内容は、2022 年 09 月現在の内容です。 ■本ソフトウェアの内容は予告なく変更することがあります。 あらかじめご了承ください。 mail：hpcs_sales@hpc.co.jp ■本資料に記載された各社名・各製品名・各ロゴ等は、各社の登録商標または商標です。